발기부전의 치료는 내과적 치료와 외과적 치료로 대별할 수 있으며 내과적 치료로는 약물복용, 음경해면체 발기유발제자가주사, 진공음경흡인기 등이 이용되고 외과적 치료에는 음경동맥재건술, 음경 정맥결찰술, 음경정맥동맥화수술, 음경보형물삽입술 등이 있습니다.
정신 치료
조루증, 음경왜소컴플렉스 등이 있어 성적 능력에 대한 열등감이 있거나 두려움 때문에 성행위를 해야할 때 불안감이 극도에 달해 발기가 이루어지지않는 경우가 나타날 수 있습니다. 이러한 현상을 환자 자신은 전혀 모르고 정신과 전문의의 상담과 설문지 작성으로 확인하는 경우가 비일비재 합니다. 정신과 전문의는 종교적 신념, 강박관념, 성적 공포나 변태, 우울, 육체적 매력 결여, 노화에 대한 걱정내지 생리적 변화에 대한 지식부족도 한 원인이 될 수 있다고 말합니다. 일단 심인성 발기부전이라고 판정이 되면 정신과 전문의의 상담 및 치료가 필요할 것으로 생각됩니다.
호르몬 치료
남성 호르몬이 결핍된 경우에는 남성호르몬을 주사나 붙이는 패취로 보충해 주며 뇌종양이 있는 경우에는 이를 제거하는 원인치료를 말합니다.
경구 약물 요법
경구 복용하여 효과를 나타내는 약물로는 비아그라, 유프리마, 요힘빈 등이 알려져 있습니다. 가장 간편하고 효과적인 방법이며 비뇨기과 전문의의 처방에 의해 쉽게 복용할 수 있습니다. 다른 치료에 비해 상대적으로 저가이고 간편한 장점이 있는 반면 처방을 받기 위해 계속 비뇨기과 전문의를 찾아야 하고 복용후 효과가 나타나는 데 30분에서 1 시간이 소요되며 신경이나 혈관이 이상이 있는 환자에서는 효과를 보기 어렵고 오히려 심인성 발기부전환자에 효과적이라는 단점이 있습니다. 대부분의 약물이 혈관에 작용하므로 생명을 위협할 수 있는 부작용이 있다는 것을 꼭 상기해야 하겠습니다.
음경 해면체 발기유발제 자가주사 (예 : Caverject)
발기 유발제를 음경에 직접 주사로 주입하는 방법으로 약물로는 파파베린(papaverine), 펜토라민(phentolamine), 프로스타글란딘이원(prostaglandin E1)등이 알려져 있으며 주로 이를 혼합하여 사용합니다. 파파베린은 저렴하나 음경해면조직에 섬유화나 음경지속발기증이 다른 약제에 비해 상대적으로 많이 발생하며 프로스타글란딘이원은 발기중 음경의 통증을 호소하는 경우가 많으며 고가인 단점이 있습니다. 최근에는 이를 혼합하여 쓰는 경향이 있습니다.
발기유발제 요도 주입법 (예 : MUSE)
프로스타글란딘이원을 요도를 통해 주입하는 방법으로 간편하고 주사의 고통에서 해방될 수 있으나 상대적으로 많은 양의 약물이 필요하며 효과가 주사제에 비해 약하며 작용시간이 늦고 요도 삽입시 불나는 것 같은 화끈한 통증이 자주 나타난다는 단점이 있습니다.
진공발기 유발기구  
발기란 음경발기조직에 피가 차서 나타나는 현상인데 이러한 반응이 나타나지 않으므로 인공적으로 진공기구에 성기를 넣고 진공상태로 만들면 음압에 의해 성기발기조직내로 피가 들어와 발기를 유도하고 피가 빠져나가지 못하게 고무줄로 음경의 뿌리 부분을 감아주는 방법입니다. 성행위전에 기구를 가지고 다녀야하며 관계전 조작이 필요하며 음경 뿌리 부위에 고무줄로 감아 아프고 음경이 꺽이기도 하며 느낌이 줄어드는 단점이 있습니다. 일부에서는 성기가 차갑고 남의 살 같다고 얘기하기도 합니다.
혈관 성형술
음경으로 오는 동맥에 이상이 있는 경우 동맥을 재건해 주고 음경에서 나오는 정맥에 이상이 있는 경우 피의 누출을 막기위해 정맥을 결찰하는 것이 이에 속합니다. 어렵고 힘든 수술이며 정밀검사 후 극소수의 환자에서만 시도해 볼만하며 다른 치료에 비해 상대적으로 성공률이 낮고 부작용과 재발률이 높아 잘 시도되지 않습니다.
음경발기보형물 삽입술
음경발기조직 내에 발기보형물을 삽입하는 방법으로 발기부전을 해결하는 가장 확실한 치료법입니다. 이 방법은 음경발기조직 내에 보형물을 삽입하기위해 해면체 내 조직을 모두 제거해야 하므로 수술후 다른 치료법을 쓸 수 없는 말 그대로 최후의 방법입니다. 굴곡형, 원피스 일체형, 수압식 투피스, 수압식 쓰리피스가 있으며 대부분 영구적으로 사용하므로 환자의 나이, 음경 상태, 경제적 사정, 성생활, 신체적 조건 등 여러 조건을 고려하여 수술을 해야합니다. 수술 후에도 음경의 감각이나 사정기능에는 변함이 없어 발기부전 환자에게 새로운 희망을 줄 수 있는 유일한 수술입니다.